No primeiro domingo, 4 de novembro, os participantes tiveram 5 horas e 30 minutos para fazer as provas de Linguagens, Códigos e suas Tecnologias e Ciências Humanas e suas Tecnologias, com 90 questões, além da Redação. No segundo domingo, 11 de novembro, foram aplicadas as provas de Matemática e suas Tecnologias e Ciências da Natureza e suas Tecnologias.
Questão anulada – Após constatar que uma questão da prova de Matemática e suas Tecnologias do Enem 2018 havia sido aplicada em vestibular da Universidade Federal do Paraná (UFPR), o Ministério da Educação (MEC) instaurou sindicância para apurar responsabilidades. O item da prova foi formulado por um professor que compõe o Banco de Elaboradores de Itens do Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira (Inep) e, em decorrência do descumprimento dos requisitos de ineditismo e sigilo, a questão está anulada.
A questão foi elaborada em 2012 para o Inep, por um professor que, à época, estava vinculado à UFPR. No entanto, posteriormente, em 2013, foi utilizada no vestibular da própria Universidade, para ingresso em 2014, o que não deveria ter ocorrido. Quando há ocorrência de anulação no Enem, a questão anulada deixa de ser considerada durante o processamento e o cálculo das proficiências de todos os participantes do Exame.
Provas com acessibilidade – Entre as opções com acessibilidade, o Inep disponibiliza as provas ampliada e superampliada, que são azuis para o primeiro domingo e amarelo para o segundo; e as provas ledor, de cor laranja. O caderno verde, por sua vez, foi o que acompanhou a videoprova em Libras. Além dele o Inep disponibilizou todos os vídeos da videoprova em seu Canal no Youtube. Isso permitirá que os surdos e os deficientes auditivos tenham como estudar para futuras edições do Enem em sua primeira língua.
