Criado em 2009 para substituir o vestibular nas universidades públicas e até mesmo privadas, o novo ENEM trouxe transtornos ao ministro Fernando Haddad. No mesmo ano, o vazamento das provas levou ao adiamento do exame. Em 2010, erros de impressão provocaram confusão no dia do teste e levaram a Justiça Federal a suspender o exame - decisão que acabou mudada em segunda instância, prejudicando apenas aos estudantes, que se empenharam nos estudos e cursinhos.
Haddad sempre declarou que um dos caminhos para superar os problemas do ENEM seria promover mais edições do exame a cada ano. No MEC, avalia-se que o governo e as empresas contratadas para executar o exame não teriam condições de fazer duas provas gerais este ano.
O Inep estuda medidas para aprimorar o teste.