A atual gestão encontrou o programa com dívidas elevadas deixadas pelo governo anterior. Estudantes estavam no exterior sem recursos. A primeira e imediata providência da atual gestão foi garantir recursos financeiros para honrar os compromissos assumidos com os bolsistas no exterior, a fim de não prejudicá-los.
Em julho de 2016, após uma avaliação criteriosa da modalidade graduação, o MEC chegou à conclusão de que era alto o custo para manter os alunos estudando fora do país: eram 35 mil bolsistas de graduação a um custo médio no exterior de R$ 100 mil por ano, enquanto o custo anual da merenda escolar, por aluno, é de R$ 94. Só em 2015, o Ministério destinou R$ 3,7 bilhões para manter o Programa Ciência Sem Fronteiras - o mesmo valor investido na merenda escolar de 39 milhões de alunos da Educação Básica no país.
Diante desse quadro, o Ciência sem Fronteiras permaneceu com foco na pós-graduação. Atualmente, a Capes discute novas estratégias de internacionalização e apoio à excelência nas universidades.
