As bolsas do ProUni e do Proies têm critérios estabelecidos pelo governo federal. Estes critérios incluem um limite de renda familiar, ter realizado a prova do Enem na edição anterior ao processo seletivo, e ter cursado integralmente o ensino médio em uma escola pública. A oferta de vagas de bolsas do ProUni é atribuição do MEC. O número de vagas para bolsas do Proies é escolha da Universidade.
O Diário Oficial da União publicou portaria do Ministério da Educação, assinada pela secretária de Regulação e Supervisão da Educação Superior, Marta Wendel Abramo, que qualifica a Unisul como Universidade Comunitária. A previsão está na Lei 12.881, de novembro de 2013. Conforme a Lei, após esta qualificação, as Instituições Comunitárias de Educação Superior podem ter acesso aos editais de órgãos governamentais de fomento direcionados às instituições públicas, receber recursos orçamentários do poder público para o desenvolvimento de atividades de interesse público, ser alternativa na oferta de serviços públicos nos casos em que não são proporcionados diretamente por entidades públicas estatais e oferecer de forma conjunta com órgãos públicos estatais, mediante parceria, serviços de interesse público, de modo a bem aproveitar recursos físicos e humanos existentes nas instituições comunitárias, evitando a multiplicação de estruturas e assegurando o bom uso dos recursos públicos.
Nos últimos meses, a alta gestão da Unisul fez a opção por migrar para a relação de controle acadêmico administrativo no Sistema Federal de Ensino. “Esta federalização das relações atesta a qualidade dos serviços prestados pela universidade nestes 50 anos de nossa história”, comemora Herdt. Além disso, a Unisul buscou e atingiu a regularização dos débitos fiscais e tributários.