Para orientar os estudantes, o regulamento do prêmio definiu 11 linhas de pesquisa para as categorias mestre, doutor e estudante da educação superior. Para o ensino médio, são cinco subtemas. Pelo regulamento, as pesquisas devem ter aplicação prática na solução de problemas concretos de uma localidade ou região, ou do país.
Para efeito de premiação, cada categoria terá três trabalhos reconhecidos. Na de mestre e doutor, com direito também a bolsas de estudos, o primeiro colocado receberá R$ 35 mil; o segundo, R$ 25 mil; o terceiro, R$ 18 mil. Na de estudante da educação superior, além da oferta bolsas do programa Ciência sem Fronteiras, o primeiro colocado receberá R$ 18 mil; o segundo, R$ 15 mil; o terceiro, R$ 12 mil. Para o ensino médio, os três primeiros colocados receberão computadores portáteis MacBook Pro, de 13 polegadas, e bolsas de iniciação científica. Professores orientadores de estudos e pesquisas e escolas também serão reconhecidos com prêmios especiais.
As linhas de pesquisa e os procedimentos para a inscrição estão descritos na página do Prêmio Jovem Cientista na internet.
